Müller estreou-se no campeonato a 15 de agosto de 2008, no empate 2-2 com o Hamburgo, sob o comando do então treinador Jürgen Klinsmann. Foi lançado para render Miroslav Klose aos 80 minutos. Vincent Kompany jogou pelo HSV.
Müller, que não receberá um novo contrato no Bayern no final da temporada, será apenas o 13.º profissional a quebrar a marca de 500 jogos na Bundesliga. Com 602 jogos, Karl-Heinz Körbel continua a ser o recordista, à frente de Manfred Kaltz (581) e Oliver Kahn (557). Müller disputou 747 jogos oficiais pelo FC Bayern até à data - mais do que qualquer outro jogador.
Kompany vai contar com Michael Olise, Serge Gnabry e Leroy Sané no ataque contra o Mainz, atrás do goleador Harry Kane. Jonas Urbig será novamente o titular da baliza de Manuel Neuer. O capitão do Bayern regressou aos treinos da equipa na sexta-feira.