O antigo médio do Manchester United, Iqbal, que atualmente representa o Utrecht, marcou a 14 minutos do fim, depois de ter entrado ao intervalo para a equipa orientada por Graham Arnold.
Com este resultado, o Iraque vai defrontar a Arábia Saudita na terça-feira, com o vencedor a garantir a qualificação para o Mundial, enquanto o segundo classificado segue para mais uma ronda preliminar. Já a Indonésia foi eliminada após duas derrotas.
"Sabiamos que seria um jogo difícil, com a temperatura e tudo o resto, mas esta vitória por 1-0 vai dar-nos muita confiança," afirmou Iqbal. "Será um desafio complicado frente à Arábia Saudita, mas esperamos vencer."
Os asiáticos do sudeste pareciam ser os mais próximos de alcançar o triunfo necessário para manter vivo o sonho de chegar ao Mundial.
Kevin Diks cabeceou ao lado da baliza do Iraque nos minutos iniciais e Thom Haye ficou muito perto de marcar com um remate de longe pouco depois, numa entrada prometedora dos indonésios.
Mauro Zijlstra viu o seu primeiro golo internacional ser negado por um corte em cima da linha de Manaf Younis, com o defesa iraquiano a afastar o perigo à queima-roupa quando o avançado de 20 anos se preparava para finalizar após passe de Haye para a pequena área.
O cabeceamento de Sherko Karim, que passou por cima da barra aos 29 minutos, foi o lance de maior perigo do Iraque, numa primeira parte em que o guarda-redes indonésio Maarten Paes praticamente não foi incomodado, com a equipa de Kluivert a dominar os primeiros 45 minutos sem conseguir marcar.
Um erro de Rizky Ridho acabou por ser fatal para a Indonésia, já que o defesa ofereceu a posse ao Iraque e a bola acabou por chegar a Iqbal, que finalizou com precisão para o canto inferior da área.
O ambiente aqueceu nos instantes finais, com o capitão da Indonésia, Jay Idzes, a tentar acalmar os ânimos quando os adeptos da sua equipa atiraram garrafas de água para o relvado em protesto contra uma decisão polémica do árbitro Ma Ning, da China.
Zaid Tahseen foi expulso por acumulação de amarelos nove minutos após o início do tempo de compensação, mas o Iraque resistiu e mantém a esperança de se juntar ao Japão, Coreia do Sul, Austrália, Irão, Uzbequistão e Jordânia como representantes asiáticos na fase final do próximo ano.