Tal como o SC Braga, o Santa Clara entrou para este sorteio como cabeça de série, algo que também irá acontecer na 3.ª pré-eliminatória, caso siga em frente.
A equipa portuguesa tinha cinco adversários possíveis: vencedor do La Fiorita (San Marino) - Vardar (Macedónia do Norte); o Varazdin (Croácia); o vencedor do Floriana (Malta) - Haverfordwest (País de Gales); o vencedor do St. Joseph’s (Gibraltar) - Cliftonville (Irlanda do Norte); ou o Una Strassen (Luxemburgo).
O sorteio realizado em Nyon, na Suíça, ditou que a equipa açoriana vai defrontar o Varaždin, da Croácia, que terminou a última temporada no 4.º lugar do campeonato.
O encontro da primeira mão vai ser disputado no dia 24 de julho, na Cróacia. A segunda mão realiza-se a 31 do mesmo mês, em Portugal.