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A vitória do Inter por 1-2 em Munique coloca os italianos em boa posição para o apuramento para as meias-finais da Liga dos Campeões pela segunda vez em três anos.
Apesar da lista de lesionados, o Bayern teve oportunidades suficientes para vencer o jogo em casa, mas não conseguiu fazer valer o seu domínio no marcador.
A história tem sido familiar para os gigantes alemães - e em particular para Harry Kane.
Aos 25 minutos do segundo tempo, Kane acertou na trave a apenas cinco metros de distância da baliza, acabando por não conseguir bater o guarda-redes do Inter, Yann Sommer.
No empate 2-2 contra o Borussia Dortmund, no sábado, os comandados de Vincent Kompany não conseguiram aproveitar as inúmeras chances que tiveram.
Se os alemães quiserem chegar à final da Liga dos Campeões na Allianz Arena, no final de maio, Kane e os avançados precisam de voltar a encontrar o instinto matador perdido.
Nos momentos certos
Nos últimos dois jogos, o Bayern marcou três golos em 46 remates à baliza.
O guarda-redes Manuel Neuer, os defesas Dayot Upamecano e Hiroki Ito e o lateral Alphonso Davies não vão poder viajar para Milão, o que deixará a defesa do Bayern mais debilitada. O médio Jamal Musiala também não vai estar presente.
O defesa-central Kim Min-jae, que foi substituído pouco depois de um erro que levou ao primeiro golo do Dortmund no sábado, continua a sofrer de uma lesão no tendão de Aquiles, mas parece estar pronto para jogar na quarta-feira.
Contra o Dortmund, o Bayern terminou com apenas um defesa-central de raiz em campo: o veterano inglês Eric Dier.
Com os problemas defensivos, a necessidade de converter as oportunidades torna-se ainda mais importante, embora o Bayern e Kane não tenham tido problemas nos oitavos de final contra o Bayer Leverkusen, quando o capitão inglês marcou três golos em dois jogos.
O jogador de 31 anos tem 10 golos em 12 jogos nesta temporada da Liga dos Campeões.
Kane disse aos jornalistas no sábado que a sua equipa foi "dominante", mas "desperdiçou um pouco as nossas oportunidades" contra o Dortmund, tal como tinha acontecido contra o Inter em Munique.
"Só temos de ser mais clínicos. Noutro dia, teríamos marcado três ou quatro golos contra eles (Inter). Isso dá-nos confiança porque sabemos que podemos criar oportunidades", disse Kane, acrescentando que "é uma questão de estar presente nos momentos certos".
"Não tivemos isso nos últimos dois jogos, por isso esperamos que possamos mudar isso na quarta-feira".
Bayern "não precisa de milagre"
O Bayern está a perseguir o romance de ganhar o título em casa e espera afastar os fantasmas da derrota na final de 2012 diante do Chelsea em Munique.
Joshua Kimmich, muitas vezes chamado a liderar a equipa na ausência de Neuer, disse que "se formos um pouco mais eficientes, o jogo pode correr a nosso favor".
"Não é que precisemos de um milagre. Só precisamos de ganhar o jogo", explicou.
Para chegar às meias-finais, o Bayern precisa de uma vitória por dois golo, ou de uma vitória por um, seguida de um triunfo nos penáltis.
Os bávaros não são a primeira equipa desta temporada a ter dificuldades em marcar contra os homens de Simone Inzaghi.
O golo de Thomas Müller, aos 85 minutos, foi apenas o terceiro golo sofrido pelo Inter em 11 jogos nesta temporada da Liga dos Campeões.
Após a vitória por 3-1 sobre o Cagliari no sábado, Inzahgi disse sobre o jogo com o Bayern: "Temos de repetir o desempenho da primeira mão, jogando com ritmo, agressividade e organização. Vamos para este confronto com muita confiança, contra uma das três ou quatro melhores equipas do mundo".