O City adiantou-se cedo no marcador com golos de Phil Foden e Josko Gvardiol, assumindo o controlo nos primeiros 25 minutos no Etihad, mas o Leeds, por intermédio de Dominic Calvert-Lewin, reduziu a desvantagem aos 49 minutos.
O guarda-redes Donnarumma pediu assistência médica poucos minutos depois e Guardiola aproveitou para reunir a equipa e dar novas indicações.
"Não é o elefante na sala. O motivo pelo qual ele (Donnarumma) se deitou no relvado é óbvio. É inteligente", afirmou Farke aos jornalistas após o jogo.
"Está dentro das regras, por isso não posso queixar-me," acrescentou.
"Se gosto? Se está de acordo com o espírito de fair play? Se deveria ser assim? Prefiro guardar para mim. Cabe às autoridades encontrar uma solução".
A alteração tática de Guardiola não surtiu efeito imediato no City, já que Lukas Nmecha empatou a partida aos 69 minutos, aproveitando a recarga após o seu penálti ter sido defendido por Donnarumma.
No entanto, o City reagiu nos instantes finais e Foden marcou o golo da vitória aos 91 minutos, bisando e garantindo os três pontos para a sua equipa.
"Temos de educar os nossos jogadores sobre o que fazer em termos de fair play e desportivismo", disse Farke.
"Se apenas tentarmos contornar as regras e até simular uma lesão para fazer uma palestra extra à equipa, pessoalmente não gosto".
O City subiu aos 25 pontos em 13 jogos na tabela da Premier League, reduzindo a diferença para quatro pontos em relação ao líder Arsenal. A equipa de Guardiola defronta o Fulham na próxima jornada a meio da semana, na terça-feira.