Narváez (UAE Team Emirates) ultrapassou o britânico Oscar Onley (Team Picnic PostNL) e o neozelandês Finn Fisher-Black (Red Bull-Bora-Hansgrohe) numa chegada de roer as unhas para garantir a vitória na última subida da etapa.
O final explosivo, recompensado com segundos de bónus, deu a Narváez uma vantagem de nove segundos na geral sobre o espanhol Javier Romo(Movistar Team).
A vitória final será decidida no domingo, numa etapa de 90 quilómetros pelas ruas de Adelaide.
Salvo algum contratempo, Narváez é o favorito para se tornar o primeiro equatoriano a vencer o Tour Down Under.
"Foi um dia difícil, não é fácil quando toda a gente te diz que és o favorito, mas no final conseguimos", disse o atleta de 27 anos.
Jhonatan, que ficou em segundo lugar atrás do britânico Williams no Tour Down Under de 2024, conquistou a sua primeira vitória com a sua nova equipa no sábado, depois de cinco anos com a Ineos Grenadiers.
Romo tentou fugir no início da última subida de 3,3 km, mas foi ultrapassado a 700 metros da meta, caindo para quinto na etapa e perdendo a camisola de líder para o equatoriano.
"Foi um dia difícil. Ataquei a três quilómetros da meta, mas os rivais foram mais fortes", disse Javier, que excluiu a possibilidade de dar a volta à situação no último esforço.
"Honestamente, não é possível porque não sou um sprinter, os outros são mais rápidos. Tentei ganhar, mas não consegui", disse o ciclista de Villafranca de los Caballeros (Toledo).