O classificado da equipa Uno-X conquistou a sua primeira vitória da época ao bater o francês Noa Isidore e o italiano Francesco Busatto num sprint.
Como disse Godon na segunda-feira, Cort Nielsen também "conhece bem a Catalunha".
"É uma região que aprecio e que visito regularmente. De facto, já dei um mergulho no lago de Banyoles", explicou.
O dinamarquês soube tirar partido do seu conhecimento do terreno para vencer pela 35.ª vez desde que se tornou profissional.
Embora nunca tenha vencido uma clássica de prestígio, o ciclista nascido em Ronne há 33 anos é um habitué no pódio das provas por etapas. Pode gabar-se de ter ganho as três grandes voltas, bem como o Dauphiné e o Paris-Nice.
"No entanto, à medida que a meta se aproximava, eu estava mal colocado", explicou. "No início da descida em direção a Banyoles, eu estava na parte de trás do pelotão. Felizmente, pude contar com um companheiro de equipa para me levar para a frente da corrida", disse.
Evenepoel tem um dia tranquilo
O pelotão apanhou os dois últimos membros de uma fuga inicial, dois ciclistas da equipa Lotto, o belga Liam Slock e o francês Baptiste Veistroffer, pouco antes da chegada.
Os favoritos à vitória final, entretanto, tiveram um dia tranquilo, como Remco Evenepoel, terceiro na classificação geral.
O belga, que tinha sido segundo na véspera, não participou desta vez no sprint.
A terceira etapa, na quarta-feira, entre Mont-Roig del Camp e Vila-seca (159 km), oferece aos aventureiros uma boa oportunidade para se exibirem antes da primeira etapa de montanha, na quinta-feira, com uma chegada em alto em Vallter, a uma altitude de 2.000 m acima do nível do mar.
Classificação da Etapa 2
1. Magnus Cort (DEN/UXM) os 167,4 km em 3 h 45:28. (média: 44,6 km/h)
2. Noa Isidore (FRA/DCT) em 0.
3. Francesco Busatto (ITA/APC) em 0.
4. Dorian Godon (FRA/IGD) 0.
5. Alberto Dainese (ITA/SOQ) 0.
6. Thomas Silva (URU/XAT) 0.
7. Noah Hobbs (GBR/EFE) 0.
8. Ivo Oliveira (POR/UAD) 0.
9. Toon Aerts (BEL/LOI) 0.
10. Sergi Darder (ESP/CJR) 0.
Classificação geral
1. Dorian Godon (FRA/IGD) 167,4 km em 7 h 46:27.
2. Magnus Cort (DEN/UXM) 0.
3. Remco Evenepoel (BEL/RBH) 4.
4. Thomas Pidcock (GBR/Q36) 6.
5. Thomas Silva (URU/XAT) 10.
6. Andrea Raccagni (ITA/SOQ) 10.
7. Antoine L'Hôte (FRA/DCT) 10.
8. Lenny Martinez (FRA/TBV) 10.
9. Rudy Molard (FRA/GFC) 10.
10. Anthon Charmig (DEN/UXM) 10.