O britânico de 25 anos, que também venceu a segunda etapa de quarta-feira, onde derrubou os seus rivais de forma impressionante na montanha Bir Jaydah, voltou a vencer a solo numa subida íngreme até ao planalto do deserto de Harrat Uwayrid.
Pidcock terminou com 12 segundos de vantagem sobre o sul-africano Alan Hatherly e o austríaco Rainer Kepplinger em terceiro.
"Numa subida tão íngreme, fui ao meu próprio ritmo. O ataque é a melhor defesa. Estou muito contente por conseguir aumentar a minha vantagem na geral", comentou Pidcock, que mudou esta época da Ineos para a equipa suíça Q36.5.
Pidcock tem agora uma vantagem de 29 segundos sobre Kepplinger, com Hatherly a mais três segundos, com a última etapa prometida aos sprinters.
"Já tinha olhado um pouco para a etapa de amanhã, talvez não o devesse ter feito", disse o duplo campeão olímpico de BTT Pidcock.
"Promete ser muito ventosa e vai ser stressante manter a camisola (do líder). Tenho uma pequena vantagem, mas isto ainda não está terminado", acrescentou.