O jogador de 27 anos foi convocado na semana passada pela primeira vez em quase dois anos, mas agora não terá oportunidade de jogar pelo seu país antes de o selecionador Hajime Moriyasu nomear a sua equipa para o Campeonato do Mundo.
Tomiyasu começou a jogar pelo seu clube, o Ajax, contra o Feyenoord, no domingo, mas fez sinal para o banco de suplentes, sentindo-se desconfortável depois de ter caído, e foi substituído aos 73 minutos.
Num post no Instagram, o defesa disse que isso era "parte de um processo".
"A pressa faz o desperdício. Faz o que tens de fazer", escreveu.
O Japão joga contra a Escócia em Glasgow no sábado, antes de enfrentar a Inglaterra em Wembley três dias depois.
Os japoneses foram sorteados no Grupo F com os Países Baixos, a Tunísia e uma seleção europeia de qualificação para o Mundial dos Estados Unidos, Canadá e México, que começa a 11 de junho.
Tomiyasu deixou o Arsenal em julho do ano passado, com 12 meses de contrato, para se concentrar na sua reabilitação.
Assinou pelo Ajax em dezembro e regressou à ação em janeiro, pela primeira vez desde outubro de 2024, embora ainda não tenha completado 90 minutos pelo seu novo clube.
Tem 42 internacionalizações pelo Japão e jogou no Mundial-2022 no Catar.
O jogador chegou ao Arsenal vindo do Bolonha em agosto de 2021 e disputou 84 jogos em todas as competições durante a sua passagem por Londres.