A humilhante perda veio depois de dois governadores influentes terem defendido a proibição de Israel de participar na competição.
A Indonésia e Israel não têm relações diplomáticas formais, e o apoio à causa palestiniana na nação de maioria muçulmana mais populosa do mundo é elevado, alimentando a oposição local ao acolhimento da equipa israelita.
A decisão da FIFA de encontrar um novo país anfitrião - retirando assim o lugar de qualificação automática à Indonésia - coloca o desporto mais popular do país de volta à estagnação e enfrenta outro período de insucesso depois recuperar de uma debandada num estádio que matou 135 pessoas no ano passado.
Alguns dos futebolistas do arquipélago reagiram nas redes sociais com fúria e desgosto após perderem a oportunidade de jogar no que a FIFA considera o "torneio das superestrelas do amanhã".
"Energia, tempo, suor e até mesmo sangue investidos, mas falhámos por razões políticas. Eis o nosso grande sonho que vocês destruíram", escreveu o avançado Rabbani Tasnim, de 19 anos.
Em vídeo, a Federação indonésia mostrou jogadores com a cabeça curvada e o seu treinador em lágrimas depois de receberem a notícia no final de quarta-feira.
"Nós, os jogadores, somos agora afetados, não apenas nós mas todos os futebolistas", disse o avançado Hokky Caraka, de 18 anos.
O treinador principal Shin Tae Yong afirmou estar "de coração partido" e "cansado" depois de preparar a equipa durante mais de três anos para o espetáculo do futebol jovem.
Os indonésios inundaram a página de Instagram do governador central de Java, Ganjar Pranowo - um dos principais candidatos nas eleições presidenciais do próximo ano -, com comentários negativos depois de se ter oposto à participação de Israel.
O governador de Bali, Wayan Koster, também se tinha juntado ao movimento anti-Israel e cerca de uma centena de manifestantes muçulmanos conservadores realizaram um comício anti-Israel em Jacarta este mês.
Koster citou, na quinta-feira, a ocupação de terras palestinianas e as preocupações de "ameaça e segurança" por rejeitar a participação de Israel, comparando o seu apelo à proibição imposta à Rússia no Campeonato do Mundo de 2022 no Catar.
"Muito doloroso"
O Partido Democrático de Luta, o poderoso partido nacionalista que está no poder com o Presidente Joko Widodo e Koster, expressou, em comunicado, o seu pesar pela decisão mas disse que tinha procurado que Israel jogasse os seus jogos no "país vizinho mais próximo".
Jacarta comprometeu-se a garantir a participação de Israel apesar da sua posição pró-Palestina, mas as vozes opostas tornaram-se demasiado fortes para a FIFA.
"Este é verdadeiramente um incidente muito doloroso para o povo indonésio. Aqueles que fizeram o barulho e nos fizeram falhar... devem ser responsabilizados", disse Akmal Marhali, perito em observação do futebol.
Os responsáveis indonésios disseram que perder o torneio pode custar ao país centenas de milhões de dólares. A FIFA ameaçou com mais sanções e pode excluir a Indonésia das eliminatórias do Campeonato do Mundo de 2026, que começam em outubro.
Mas para os adeptos fervorosos da Indonésia, foi a perda do seu primeiro grande torneio de futebol que mais prejudicou.
"Estou muito desapontado porque tem sido o meu sonho ver a Indonésia acolher um evento global de futebol", disse o adepto Jarnawi, de 40 anos, que, como muitos indonésios, fala por todos.
"Estamos a falar de jovens que querem jogar futebol. Eles não têm mais interesses", disse Justin Lhaksana, conhecedor de futebol. "Porque é que esta questão está cegamente misturada de jogos políticos?".