Embora pertencesse ao Atlético de Madrid desde 2021, Marcos Paulo nunca jogou pelo clube espanhol. Na Europa, o atacante teve passagens sem brilho por Famalicão, Mirandés e Molenbeek.
A última equipa de Marcos Paulo no Brasil foi o São Paulo, em 2023. O avançado disputou 29 jogos, com quatro golos e duas assistências, mas sofreu uma lesão grave no joelho e perdeu boa parte da segunda metade da temporada. No fim do empréstimo, foi devolvido ao Atlético de Madrid.
Marcos Paulo surgiu como grande promessa no Fluminense e estreou-se pela equipa profissional em 2019. O atacante era o mais badalado da geração que tinha Luiz Henrique, recém-contratado pelo Zenit, e João Pedro, do Brighton.
Apesar da história no clube, Marcos Paulo recusou as propostas de renovação do Fluminense e saiu a custo zero em 2021. para assinar com o Atlético de Madrid. Três anos e meio depois, volta ao Rio de Janeiro para tentar relançar a carreira.

O Boavista vai apresentar Marcos Paulo aos adeptos esta quinta-feira, antes da partida contra o Sampaio Corrêa-RJ, no Elcyr Resende de Mendonça, na 4.ª jornada do Campeonato Carioca. O Verdão de Saquarema está em 7.º lugar no estadual, com 4 pontos.