O extremo de 18 anos teve dificuldades no Clássico no último fim de semana, numa jornada em que os campeões Barça saíram derrotados, ficando a cinco pontos dos líderes da LaLiga, Real Madrid.
Yamal também esteve em destaque devido a declarações antes do jogo, insinuando que Madrid "rouba (e) reclama", o que irritou os adeptos dos Blancos e grande parte da imprensa espanhola.
"Falamos com ele... somos muito sinceros um com o outro, ele comigo e eu com ele, e esta é a melhor forma", disse Flick em conferência de imprensa antes do jogo do Barça contra o Elche no domingo, a contar para a LaLiga.
"Vou sempre protegê-lo e apoiá-lo. É um jogador fantástico, um rapaz extraordinário, é muito jovem, e vamos continuar assim".
Yamal tem lidado com uma lesão na virilha há algumas semanas e, apesar de ter sido titular no Clássico, apresentou um rendimento discreto e continua a mostrar sinais do problema.
"O Lamine está bem. Acabei de falar com ele e está a sentir-se bem", acrescentou Flick.
"Claro que há dias em que sente algumas dores, mas agora está a trabalhar muito; melhorou bastante nestes aspetos. Está numa boa evolução, é o que podemos dizer".
O treinador alemão revelou que Robert Lewandowski e Dani Olmo estão novamente disponíveis após lesão, enquanto o Barça continua sem Pedri, Gavi e Joan Garcia, entre outros.
Flick explicou que o regresso do experiente avançado Lewandowski e do criativo Olmo ajudou a elevar a qualidade dos treinos.
"O que vejo agora com o Dani e também com o Lewy de volta, os últimos dois treinos foram muito bons", acrescentou Flick.
"Não é só que eles aumentam o nível e a qualidade, mas também os outros estão a evoluir, inclusive os mais jovens. É bom de ver, e esperamos conseguir mostrar isso amanhã (domingo)".
Os catalães recebem o Elche no Estádio Olímpico, com a equipa recém-promovida orientada por Eder Sarabia, antigo adjunto do Barça sob o comando de Quique Setién.
O Elche está a meio da tabela após um início de época positivo, tendo apenas duas derrotas, e Flick afirmou que praticam "um futebol fantástico".