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Com os dois golos, Mbappé chegou aos 33 em 44 jogos em todas as competições, o mesmo número de golos que o seu ídolo Cristiano Ronaldo conseguiu na campanha de 2009-10.
Cristiano Ronaldo, que chegou do Manchester United, tornou-se o melhor marcador de sempre do Real Madrid, com 450 golos.
"É muito especial... ter o mesmo número de golos que Cristiano é sempre bom", disse Mbappe à Real Madrid TV.
"Sabemos o que ele significa para o Real Madrid e para mim, falamos, ele dá-me muitos conselhos, marcou muitos golos - mas temos de ganhar troféus aqui", acrescentou.
Mbappe fez um penálti perfeito de Panenka no meio para abrir o marcador e, depois do Real Madrid ter ficado para trás, completou a sua recuperação com um livre no triunfo por 3-2 no Santiago Bernabeu.
A vitória levou o Real Madrid a igualar o líder Barcelona no topo da tabela, antes de os catalães enfrentarem o Girona este domingo.
O treinador do Real Madrid , Carlo Ancelotti, elogiou a exibição de Mbappé, com o atacante em forma brilhante após um início inconsistente de vida em Madrid, após a sua transferência do Paris Saint-Germain no verão passado.
"Ele está a ir muito bem, está muito mais ativo e presente no jogo (da equipa)", disse Ancelotti aos jornalistas.
"Está a fazer a diferença e é isso que queremos dele", acrescentou.
Anteriormente, Ancelotti sugeriu que Mbappé poderia viver de acordo com o legado de Cristiano Ronaldo em Madrid, mas apenas com muito trabalho duro.
"Ele tem qualidade para atingir os seus números, mas tem de trabalhar, porque Cristiano colocou a fasquia muito alta, mas ele está tão entusiasmado por jogar aqui que pode atingir o nível de Cristiano", disse Ancelotti em fevereiro, depois de Mbappé ter marcado três golos contra o Manchester City.