Rudiger nas últimas épocas lidou com lesões que muitas vezes não ficaram totalmente recuperadas, pois o alemão era necessário na linha defensiva do Real Madrid. Para reduzir a carga física, optou por terminar a carreira na seleção da Alemanha e pretende assim prolongar a sua carreira ao nível de clubes. Tenciona dedicar mais tempo à recuperação e a cuidar da sua saúde.
O defesa alemão estreou-se pela seleção aos 19 anos, pouco antes do Mundial-2014, num jogo frente à Polónia em maio de 2014. No entanto, acabou por não ir à fase final do torneio.
Depois disso, começou a jogar regularmente pela seleção, mas pouco antes do Euro-2016, rompeu o ligamento cruzado num treino e também não participou nesse torneio, em que a Alemanha chegou às meias-finais. Esteve presente no Mundial-2018, na Rússia, mas fez apenas um jogo da fase de grupos, e a sua seleção não passou da fase de grupos.
Foi titular no centro da defesa no Euro-2024, mas aí a Alemanha foi eliminada após derrota com a Espanha no prolongamento, nos quartos de final. O Mundial deste ano foi a sua última grande competição e também terminou sem sucesso, pois foi eliminado logo nos oitavos de final após grandes penalidades frente ao Paraguai.
No total, vestiu a camisola da Alemanha em 86 jogos e marcou 3 golos.
"Após longa reflexão, chegou para mim o momento de terminar a carreira na seleção nacional e dar lugar à nova geração. Quando em 2014 vesti pela primeira vez a camisola da DFB, nem nos meus sonhos mais ousados imaginava que acabaria por disputar 86 jogos internacionais. Apesar de nos últimos torneios não termos conseguido conquistar um grande título e termos de aceitar algumas derrotas dolorosas, este período foi para mim um capítulo extremamente especial, que ficará para sempre na minha memória", escreveu.
Após uma série de agradecimentos aos colegas, equipas técnicas e adeptos, Rudiger acrescentou no final: "Para mim começa agora um novo capítulo, no qual poderei concentrar-me totalmente no meu clube".