Rubén Vargas iniciou a sua carreira no F.C. Luzern, com cuja equipa de juniores se estreou aos 16 anos. Mais tarde, quando ainda não tinha atingido os 20 anos, estreou-se na Superliga Suíça, num jogo contra o F.C. Zürich. Como resultado do seu crescimento, terminou a época 2017/18 com 20 jogos e um golo na elite.
A época anterior foi o prelúdio do que parecia ser uma evolução natural na sua então curta carreira, já que na temporada seguinte conseguiu impor-se fazendo 38 jogos, nos quais marcou 10 golos, contribuiu com nove assistências e até se estreou num play-off da Liga Europa contra o Olympiacos.
O seu bom trabalho permitiu-lhe dar o salto para a Bundesliga no mesmo verão (ingressou no Augsburgo). Aí, Vargas disputou 161 jogos (23 golos e 19 assistências), 10 dos quais esta época. Também marcou o golo do empate da sua equipa contra o Karlsruhe (2-3) nos oitavos de final da Taça.
Quanto ao seu papel internacional, as suas primeiras aparições foram com as equipas de sub-20 e sub-21. Mais tarde, Vladimir Petkovic atribuiu-lhe um lugar de titular numa partida de qualificação para a penúltima edição do Europeu, contra Gibraltar (contra quem abriu a sua contagem). Em janeiro de 2025, o número de internacionalizações é de 50.
