João Marques tem construído uma carreira de sucesso no futebol feminino, conquistando títulos importantes em diversos clubes. No Benfica (2018/19), foi campeão da 2.ª divisão e levou a equipa à Liga, conquistando ainda uma Taça de Portugal. No SC Braga (2017/18 e 2021/22), venceu a Taça da Liga em duas ocasiões. Mais recentemente, no Racing Power, onde esteve durante duas épocas e meia, conquistou o título de campeão da 2.ª divisão, a subida à Liga, e alcançou a final da Taça de Portugal (2024) e a Final Four da Taça da Liga (2024). João Marques também passou pelo Famalicão entre 2019 e 2021, onde subiu de divisão.
Atualmente sem clube, o treinador passou a ser representado pela Shire Sports Management, uma agência onde a ex-jogadora Daniela Lopes é uma das responsáveis pelo setor de futebol feminino.
Contabilizando todos os jogos ao leme de equipas femininas, conta 186 jogos, com 142 vitórias, 17 empates e 27 derrotas.