A derrota significa que o Newcastle terá de lutar para passar do Grupo F, embora ainda esteja bem posicionado com quatro pontos em três jogos, os mesmos que o Dortmund.
Recorde as principais incidências da partida
Mas o que mais preocupou Howe foram as lesões dos avançados Alexander Isak e Jacob Murphy.
O sueco Isak durou apenas 15 minutos antes de ser substituído por Callum Wilson, e Murphy só entrou em campo alguns minutos depois de cair e dar mau jeito sobre o ombro.
Com os jogos a aproximarem-se a passos largos, Howe disse que o seu plantel pode ficar sobrecarregado.
"Isak saiu foi um golpe e Jacob saiu com o que parece ser uma lesão séria. Parece uma recorrência do problema na virilha (de Isak) e é um grande golpe. Jacob parece grave, potencialmente uma deslocação do ombro. Temos um plantel pequeno, como é o caso. Essa é provavelmente a coisa mais dececionante da noite", disse Howe.
Howe também confirmou que o médio Elliot Anderson falhou o jogo devido a lesão: "Ele tem um problema nas costas, por isso acho que vai faltar algumas semanas".
O Newcastle defronta o Wolverhampton fora de casa, na Premier League, no sábado.