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O colombiano Stiven Mendoza abriu o marcador para o León na primeira parte, com um cabeceamento na área, após a primeira assistência de James Rodríguez.
O Atlético empatou com um golo de cabeça do francês Sebastien Salles-Lamonge aos 22 minutos.
Paul Bellon fez o 2-1 com um cabeceamento aos 87 minutos, na sequência de um canto batido à esquerda por James.
Com este resultado, o León chegou aos 19 pontos e continua invicto no topo da tabela, enquanto o Atlético San Luis ocupa o 17.º lugar na classificação, com apenas três pontos.