Formado na Académica, onde jogou até aos sub-23, em 2020/2021, Afonso Peixoto rumou a Itália nesse ano, para representar o Veneza.
Nas duas últimas temporadas Afonso Peixoto esteve emprestado ao Vis Pesaro, da Serie C, sendo que na última época fez 34 jogos, com três golos marcados. Agora está de regresso a Portugal para jogar no Torreense, na Liga 2.
