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Um ano depois da conquista da Taça UEFA, os dragões, comandados por José Mourinho, voltaram a triunfar na Europa, agora na mais importante competição, apesar de um arranque em falso, com a final, em 26 de maio de 2004, a ter sido o encontro mais tranquilo de toda a campanha.
Como vencedores da Taça UEFA, o FC Porto entrava como favorito em casa do Partizan, mas, em Belgrado, não foi além de um empate, com Costinha, que viria a ser decisivo nos oitavos de final, a adiantar o então campeão português, aos 22 minutos, mas Andrija Delibasic, que viria a passar por Portugal, a empatar.
A única derrota da temporada na prova surgiu na segunda jornada, com Costinha a dar novamente vantagem aos azuis e brancos, mas o Real Madrid acabaria por vencer no Estádio das Antas, por 3-1, com golos de Helguera, Solari e Zidane, naquela que foi a última derrota caseira no recinto.
O FC Porto encarrilou então três triunfos consecutivos, dois dos quais frente ao Marselha, por 3-2, em França, e por 1-0 em casa, confirmando a qualificação em casa frente ao Partizan, por 2-1.
No último encontro europeu no Estádio das Antas, um bis do sul-africano Benni McCarthy permitiu o festejo do apuramento para os oitavos de final, mesmo que Delibasic ainda tenha reduzido.
A fase de grupos fechou com um encontro entre equipas já apuradas, com o FC Porto a empatar 1-1 em casa do Real Madrid, com o brasileiro Derlei a marcar o golo dos dragões, de penálti.
A estreia do Estádio do Dragão nas provas europeias foi idêntica à despedida das velhinhas Antas, com um bis de McCarthy a permitir a reviravolta frente ao Manchester United, que se tinha adiantado por outro sul-africano, Quinton Fortune.
Os dragões iam, assim, em vantagem para a segunda mão, com Paul Scholes a colocar os red devils em vantagem, graças ao golo fora, antes de, aos 90 minutos, Costinha gelar Old Trafford, na recarga a um livre apontado por McCarthy, com o golo do empate a ficar também na memória pela corrida de Mourinho junto à linha lateral.
Além do Manchester United, também outros gigantes caíram nos oitavos de final, como o Bayern Munique e a Juventus, exemplo que seria seguido por outros nos quartos, com destaque para o AC Milan, que foi eliminado pelo Deportivo, ao perder por 4-0, depois de um triunfo por 4-1 em casa.
A queda dos principais favoritos abria as portas a que um outsider pudesse surpreender e vencer a Champions, com o FC Porto dentro desse lote, assim como o Lyon, então grande dominador do futebol francês e adversário dos dragões nos quartos de final.
Tal como frente ao Manchester United, o FC Porto venceu em casa por 2-0, com golos de Deco e Ricardo Carvalho, antes de empatar em Lyon (2-2), com dois golos de Maniche a confirmarem a segunda presença dos azuis e brancos nas meias-finais.
As meias-finais voltaram a começar no Dragão, mas desta feita sem triunfo do FC Porto, num encontro que terminou empatado a zero, marcado pela expulsão de Jorge Andrade nos minutos finais, após uma brincadeira com Deco.
Na Corunha, onde na ronda anterior do Depor tinha goleado o AC Milan, Derlei, de grande penalidade, marcou o golo que colocou o FC Porto na final.
Em Gelsenkirchen, na Alemanha, o Mónaco, que tinha afastado, entre outros, Real Madrid e Chelsea, acabou por não ter capacidade de contrariar o FC Porto e acabou derrotado por 3-0, num encontro em que perdeu a sua grande estrela, Ludovic Giuly, ainda na primeira parte, após um choque com Vítor Baía.
Carlos Alberto adiantou os dragões, aos 39 minutos, com Deco (71), num lance de classe, e Alenitchev (75) a confirmarem o triunfo na segunda parte.
Vítor Baía, que se tornou o primeiro português a vencer as três provas de clubes, Ricardo, Paulo Ferreira, Nuno Valente, Carvalho, Costinha, Deco, Maniche, Derlei e McCarthy faziam parte do onze tipo dos dragões, liderados pelo capitão Jorge Costa.
Alenitchev, Carlos Alberto e Pedro Mendes ajudavam a completar um forte coletivo comandado por José Mourinho, que, dias depois, se tornaria o special one, quando assinou pelo Chelsea.