Mais tarde, Álvaro Magalhães foi treinador adjunto de José Antonio Camacho e de Giovanni Trapattoni, conquistando ao lado do técnico italiano o título de Campeão Nacional em 2005, e, com o espanhol, a Taça de Portugal.
“É com muito prazer que assumo, publicamente, o meu apoio ao candidato João Noronha Lopes. É o candidato ideal à presidência do Benfica. Ele vai trazer liderança, respeito, conhecimentos de gestão, espírito empreendedor e alma Benfiquista. Viva o nosso Benfica!”, afirmou Álvaro Magalhães.
“Álvaro Magalhães foi um jogador marcante da história do Sport Lisboa e Benfica. Defendeu o Glorioso durante quase uma década, sempre com a determinação e o espírito de equipa que caracterizam o nosso Clube. Como adjunto de Trapattoni, teve um papel fundamental na conquista do título de 2004/05. Forte nos duelos, leal ao grupo, fez parte de uma geração que nos trouxe títulos, finais europeias e noites memoráveis. É uma honra poder contar com alguém que representa tão bem a identidade Benfiquista. Tal como o Álvaro dava tudo em campo, também eu acredito num Benfica que nunca desiste, ambicioso e fiel à sua história. Obrigado, Álvaro", disse João Noronha Lopes.