"Hoje despeço-me dos relvados, penduro as botas, mas levo o coração cheio. Não é um adeus ao futebol, porque o futebol fará sempre parte de mim. É apenas o fim de uma etapa maravilhosa da minha vida, para dar início a outras", declarou o defesa, em mensagem divulgada nas redes sociais.
João Aurélio agradeceu aos "treinadores, colegas, clubes e profissionais" com quem se cruzou ao longo de quase duas décadas enquanto profissional, deixando um agradecimento especial aos adeptos "por cada aplauso", sem desvendar qual o próximo desafio.
O defesa, natural de Beja, iniciou a carreira como sénior no Penalva do Castelo, em 2007/08, para, na época seguinte, rumar ao Nacional, que representou, na primeira passagem, entre 2008/09 e 2015/16.
Seguiram-se, depois, experiências no Vitória FC e no Moreirense, em ambos os clubes por duas temporadas, antes de rumar ao Chipre, para jogar no Pafos, entre 2020/21 e 2021/22.
Em agosto de 2022, o jogador, que somou 17 internacionalizações pelas seleções jovens de Portugal, regressou à Madeira, assinando novamente pelo Nacional, que representou nas últimas quatro épocas.
Em 2025/26, debateu-se com alguns problemas físicos, participando em 21 jogos pelo emblema madeirense, que terminou a I Liga no 14.° lugar, com 34 pontos.