A FA alegou que Marinakis se comportou de forma imprópria em torno do túnel do City Ground após o apito final na derrota do Forest por 1-0 no sábado.
Marinakis tem até segunda-feira para responder à acusação.
O início invicto do Forest na época da Premier League terminou depois de uma longa revisão do VAR ter levado à marcação de uma grande penalidade a favor do Fulham, que o avançado Raul Jimenez converteu.
Os anfitriões ficaram ainda mais irritados quando o VAR decidiu contra eles em reclamações de penalidades envolvendo Anthony Elanga e Taiwo Awoniyi, enquanto também tiveram um esforço no primeiro tempo de Chris Wood anulado por impedimento.