O City terá sido considerado culpado da esmagadora maioria das 115 acusações de infrações financeiras apresentadas pela Premier League.
O clube negou veementemente as acusações e Khaldoon Al Mubarak, presidente do City, afirmou no sábado que continua confiante de que conseguirá provar a inocência da equipa.
Espera-se que o City recorra da eventual punição, que ainda não foi anunciada e poderá incluir uma dedução de pontos, a expulsão da Premier League ou uma multa avultada.
Também têm surgido apelos para que o City seja despojado dos oito títulos da Premier League conquistados desde 2008.
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O antigo clube de Rooney, o United, viu os seus antigos companheiros de equipa Rio Ferdinand e David de Gea defenderem que o antigo clube deveria receber retroativamente os títulos.
Rooney, vencedor de cinco títulos, fazia parte da equipa do United que terminou em segundo lugar em 2012, depois do dramático golo da vitória marcado já nos descontos por Sergio Aguero pelo City frente ao QPR, na última jornada da época, mas o antigo avançado de Inglaterra não acredita que o United, ou qualquer outra equipa, deva aceitar medalhas depois de terminar em segundo lugar.
"Sendo honesto, não me sentiria confortável a aceitar outra medalha da Premier League, porque não acho que a mereçamos. Não fizemos o suficiente nessa época para ganhar o campeonato", afirmou Rooney no podcast "Stick to United", na terça-feira.
"Estou a pensar como se fosse um jogador deles: estão ali a fazer tudo o que podem para ganhar o título da Premier League e, na cabeça deles, conseguiram-no".
Rooney admitiu que ficaria devastado se alguma das medalhas do United lhe fosse retirada por algo que não estava sob o seu controlo.
"Se isso me acontecesse, se de repente o Manchester United tivesse feito o mesmo e me tivessem retirado a medalha da Premier League, ficaria absolutamente devastado", afirmou o antigo jogador, de 40 anos.
"Pode acontecer, podem retirá-las, mas eu não quereria isso, porque não acho que, como equipa, a merecêssemos nessa época. É evidente que não terminámos em primeiro. Por isso, quando vejo antigos companheiros de equipa e outras pessoas a dizerem 'Quero uma medalha', estou satisfeito com as cinco que conquistei. Não quereria esta: receber uma medalha 15 anos depois só porque o City fez batota.
"Deveriam retirar-lha pelo que os proprietários fizeram? Sim, talvez, mas não me sentiria confortável a aceitá-la", concluiu o antigo avançado.