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Depois de uma primeira parte sem golos, o treinador português fez entrar em campo Santiago Giménez, Rafael Leão e Christian Pulisic, antes de ficar reduzido a 10 homens devido ao segundo cartão amarelo de Fikayo Tomori, aos 55 minutos.
O Empoli também ficou reduzido após o cartão vermelho direto de Luca Marianucci, antes de Leão abrir o marcador de cabeça após um cruzamento de Pulisic, aos 68 minutos, e Giménez selar a vitória oito minutos depois.
"A tentação naquele momento (após o cartão vermelho) era tirar um avançado e colocar um defesa, mas não fiz isso", disse Conceição ao DAZN.
"Desloquei o (médio Yunus) Musah para a direita e coloquei o (lateral-direito Kyle) Walker no centro da defesa e o João Félix um pouco mais recuado. Um empate aqui é como uma derrota para o Milan, por isso tive de arriscar. Com todo o respeito pela natureza agressiva e abordagem direta do Empoli, que mostra que eles estão bem treinados, fomos a melhor equipa durante todo o jogo e conquistámos três pontos importantes", acrescentou.
Conceição elogiou a sua nova contratação, Giménez, depois de o avançado mexicano se ter adaptado à formação ofensiva da equipa e ter marcado o seu primeiro golo pelo clube.
"Santi é um jogador de qualidade, eu já o tinha seguido quando estava no FC Porto. A qualidade funciona quando os jogadores são capazes de sair da sua zona de conforto e jogar para um bem maior, que é o coletivo. Estes pormenores podem elevar todos a um nível superior. Quando todos os jogadores compreenderem o que é preciso fazer, tudo será muito mais simples e também mais agradável para eles. É este o tipo de futebol que eu quero ver", revelou.
O AC Milan, que ocupa o sétimo lugar da Serie A com 38 pontos, joga na quarta-feira contra o Feyenoord no play-off da Liga dos Campeões.