Madsen deverá ajudar a preencher a lacuna após a venda de Victor Froholdt, que se transferiu para o FC Porto este verão.
Além disso, Magnus Mattsson sofreu uma grave lesão no joelho e, com a perspetiva de oito jogos na Liga dos Campeões, para além da Superliga e da Taça da Dinamarca, o Copenhaga precisava de mais opções no plantel.
"Este passo parece-me absolutamente certo. O Copenhaga é o maior clube da Escandinávia e as ambições de títulos e de futebol europeu atraem-me. Estou ansioso por fazer parte da equipa e contribuir com os meus pontos fortes, e estou especialmente ansioso por jogar perante os adeptos, tanto no Parken como fora", diz Madsen ao fck.dk.
O diretor desportivo Sune Smith-Nielsen acrescenta: "Não é segredo que temos estado a observar Mads Emil há muito tempo e, com a lesão de Magnus, Mads Emil tornou-se ainda mais relevante para nós. Ele pode trazer algumas das qualidades que atualmente nos faltam no nosso meio-campo. É por isso que estamos felizes por termos conseguido chegar a um acordo com o AGF."
Como substituto de Madsen, o AGF contratou o médio norueguês Markus Solbakken, que chega do Sparta Praga.