Eberl era considerado o candidato preferido do Bayern para o lugar que está vago desde que Hasan Salihamidzic foi demitido em maio. Em setembro, Christoph Freund assumiu o cargo de diretor desportivo do campeão em título. Eberl, que agora vai subir de nível, e Freund conhecem-se do tempo em que estiveram juntos no RB Leipzig e das conversações sobre transferências dos tempos em que Eberl ainda estava no Gladbach e Freund no Salzburgo.
Eberl foi dispensado pelo RB Leipzig, vencedor da Taça DFB, onde era Diretor-Geral do Desporto desde o final de 2022, no final de setembro, imediatamente antes do jogo da primeira volta contra o Bayern.