O defesa tinha sido incluído na lista preliminar de 55 jogadores das Super Águias para o grande evento africano marcado para Marrocos.
No entanto, decidiu retirar-se da convocatória após somar 83 internacionalizações pelos tricampeões africanos, desde a sua estreia num jogo de qualificação para a CAN frente ao Chade, a 13 de junho de 2015.
"Hoje, anuncio a minha retirada do futebol internacional. Em 2015, uma chamada do falecido Stephen Keshi mudou a minha vida. Um mês depois, o grande chefe deu-me a oportunidade de estrear-me. A sua confiança em mim despertou o desejo de seguir os seus passos. Sempre que vesti aquela camisola icónica para entrar em campo, recordei esse momento. Chegar a capitão das Super Águias superou tudo o que alguma vez sonhei" escreveu Troost-Ekong numa longa publicação nas redes sociais.
Após a surpreendente retirada de Troost-Ekong, espera-se que o treinador Eric Chelle nomeie um novo capitão para os tricampeões africanos.
A Nigéria inicia a sua participação na CAN-2025 dentro de duas semanas e terá de ultrapassar Tanzânia, Uganda e Tunísia na luta pelo quarto título africano.