Naidoo, que tinha uma parte da liderança da segunda volta depois de esta ter sido concluída mais cedo no sábado, falhou por pouco um birdie putt no 18.º buraco, quando a última bola de três terminou no escuro, quando o mau tempo fez com que o campo corresse para completar a ronda.
Naidoo, de 27 anos, 466.º na classificação mundial de golfe, jogou uma ronda estável com dois birdies e um único bogey para um resultado de 71 abaixo do par, o que lhe deu um total de 202 nas três voltas.
Canter, que venceu no DP World Tour no Bahrain no início do mês passado, teve uma ronda muito mais movimentada depois de ter recuperado de um duplo bogey no primeiro buraco, para jogar um total de 68 abaixo do par. A sua volta incluiu um eagle e seis birdies, mas mais dois bogeys.
O inglês Marco Penge subiu para o terceiro lugar com o seu 68 que o levou a 13 abaixo do par, enquanto o trio sul-africano formado por Darren Fichardt, Branden Grace e o amador Christian Maas ficou com 12 abaixo.
Maas, de 21 anos, foi o único amador a evitar o cut e fez um impressionante 70.
O líder conjunto da segunda volta, Shaun Norris, caiu para 10 abaixo, com 76 pancadas, depois de o seu putter o ter deixado ficar mal.