McIlroy estava a tentar tornar-se o primeiro jogador a ganhar o Masters e o Open da Escócia na mesma época, mas terminou duas pancadas atrás do número 158 do mundo Gotterup no Renaissance Club, empatado com Marco Penge no segundo lugar.
O jogador de 36 anos tem lutado para encontrar a sua melhor forma depois de ter completado o Grand Slam da carreira no Masters em abril, e disse em junho que não sabia como seria difícil manter-se motivado.
No entanto, depois de uma forte prestação em North Berwick, o pentacampeão de majors disse que estava agora pronto para se concentrar totalmente no Open de 17 a 20 de julho na Irlanda do Norte.
"Estou muito feliz com o ponto em que tudo está", disse McIlroy, que venceu o Open em 2014, aos jornalistas.
"Estou ansioso por chegar a Portrush esta noite e ir para o campo de golfe amanhã cedo e concentrar-me apenas nisso. Estou muito satisfeito com o meu jogo, com a forma como joguei no fim de semana, com as pancadas que dei e com a forma como controlei o voo da bola. Foi uma semana ótima. Faltou o troféu, é só isso", acrescentou o número dois do mundo, que falhou o cut no Open do ano passado em Royal Troon.