Lin, que, juntamente com a pugilista argelina Imane Khelif, esteve envolvida numa polémica de género nos Jogos Olímpicos de Paris, deveria competir nas finais da Taça do Mundo de Boxe em Sheffield, a partir de quarta-feira.
A nova competição foi organizada pela World Boxing, fundada em 2023 e que conta com cerca de 55 membros, incluindo Taiwan.
Era para ser a primeira competição internacional de Lin desde Paris, mas desistiu depois da World Boxing ter questionado a sua elegibilidade, disse a Administração de Desportos de Taiwan em comunicado.
"Ela é do sexo feminino, cumpre todos os critérios de elegibilidade e participou com sucesso no evento de boxe feminino (em Paris), ganhando uma medalha de ouro", diz o comunicado.
"Infelizmente, como a World Boxing foi recentemente criada e ainda está a desenvolver os seus mecanismos operacionais, não dispõe de políticas regulamentares claras do COI que garantam a proteção dos direitos dos atletas", afirmou, referindo-se ao Comité Olímpico Internacional.
"Além disso, a comissão médica da World Boxing ainda não estabeleceu procedimentos de confidencialidade robustos para salvaguardar as informações médicas apresentadas por Taiwan em relação a Lin Yu-ting", informou.
Lin ofereceu-se para se submeter a um "exame médico exaustivo localmente" na Grã-Bretanha, mas a World Boxing não concordou, diz o comunicado.
Para evitar mais "danos" a Lin, o seu treinador e os responsáveis desportivos de Taiwan "decidiram retirar-se deste evento de forma proativa".
Lin chegou à Grã-Bretanha há alguns dias e retirou-se do evento na terça-feira, disse à AFP Hsieh Chi-ying, da Administração Desportiva.
Nem a World Boxing nem a England Boxing responderam imediatamente aos pedidos de comentário da AFP.
Lin e Khelif foram expulsas do campeonato mundial do ano passado - que foi dirigido pela Associação Internacional de Boxe (IBA), liderada pela Rússia - mas foram autorizados pelo COI a competir em Paris.
O presidente da IBA, Umar Kremlev, ligado ao Kremlin, afirmou numa caótica conferência de imprensa que as duas mulheres tinham sido submetidas a "testes genéticos que mostram que são homens".
O COI saiu em defesa das duas pugilistas, com o presidente Thomas Bach a afirmar que nasceram e cresceram como mulheres e que têm passaportes que o atestam. Não se sabe se alguma delas se identifica como transgénero.
A World Boxing está em conversações com o Comité Olímpico Internacional para assumir a gestão do desporto nos Jogos, após a controvérsia sobre o género.
Lin, que ganhou o ouro na final feminina, foi apelidada de "filha de Taiwan" pelos meios de comunicação locais e pelo Presidente Lai Ching-te.
O primeiro-ministro de Taiwan, Cho Jung-tai, afirmou na quarta-feira que o governo iria "esforçar-se ativamente por proteger e garantir" os direitos de Lin a participar em futuras competições internacionais.