Após a carreira de jogador, Klose ganhou a primeira experiência como treinador, como assistente de Hansi Flick no Bayern de Munique, antes de rumar à Áustria para ser treinador principal do SCR Altach, até que foi despedido em março de 2023.
Klose sublinhou o quanto gosta do seu trabalho. "Precisamos de treinadores que tenham jogado futebol. Gostaria que muitos ex-colegas obtivessem licenças de treinador e desenvolvessem o desejo de estar no banco. Gosto muito do que faço. Apercebi-me de que é exatamente isto que quero fazer. Gostaria de dar aos jogadores que virão depois de mim a oportunidade de viver uma carreira como a que eu tive", afirmou.
Louis van Gaal é um exemplo a seguir, mas apenas em termos profissionais. No Bayern de Munique, o neerlandês estava "muito atrasado" a nível pessoal.
"Não nos relacionámos de todo. Eu não era um dez. Mas tive sempre de jogar a médio porque era assim que ele me via. Comunicávamos muito pouco um com o outro, mas mesmo assim foi uma época instrutiva, porque eu passava muito tempo no banco e tinha poucas participações, e aprendi muito naquela época", disse.