Tal como há duas semanas, a primeira sessão de treinos livres do Grande Prémio da Malásia foi dominada por Jorge Martín. Por isso, esperava-se que o piloto espanhol seguisse o exemplo na segunda sessão. No entanto, o espanhol terminou em 2.º lugar, atrás de Alex Márquez, mas à frente de Jack Miller.
A sessão começou com todos os pilotos em busca de performance. Marc Márquez estabeleceu o tempo mais rápido logo de início (1'59"515), antes de ser roubado pelo seu irmão (1'58"705). Fabio Quartararo, que estava à vontade, só precisou de 10 minutos para chegar a terceiro (+0,509). Do lado da Aprilia, Aleix Espargaró, que já tinha caído na EL1, sofreu mais três quedas durante a sessão.
A qualificação não mudou muito depois disso. Apesar da sucessão de pilotos, tivemos de esperar mais dez minutos para ver o"Martinator" conquistar o primeiro lugar (1'58"523). Demasiado rápido, deixa os seus rivais na vala, apesar de estes fazerem volta após volta.
As coisas começam a acalmar-se no último quarto de hora. Quartararo faz uma série de terceiros lugares, antes de assumir a liderança (1'58"399) a 13 minutos do fim. Brad Binder melhorou o seu tempo (1'58"310), tal como Alex Márquez (1'58"227).
Mas tudo se resumia a dois minutos para o final. Os pilotos esforçaram-se muito. Jorge Martín fez o melhor tempo (1'57"997), pouco antes de Alex Márquez lhe tirar o tempo (1'57"823). Quartararo e Johann Zarco passaram diretamente para a Q2 (7º e 10º).