Jones, de 49 anos, "chega do Luton (Championship) e assinou um contrato de três anos e meio", anunciaram os Saints no seu site.
Jones levou o Luton Town aos play-offs de promoção da Premier League no ano passado, conquistando o título de "treinador do ano" no Championship, onde os Hatters são atualmente o nono classificado, a apenas dois pontos dos lugares de play-off.
"Muitos dos meus familiares são fãs do Southampton, o que não me vai ajudar muito, mas estou muito orgulhoso por me ser oferecida esta oportunidade", disse o treinador.
Com 12 pontos em 14 jogos, o Southampton está apenas a três pontos do 12.º colocado Leeds, mas o primeiro jogo do novo treinador será uma viagem a Anfield, para jogar contra o Liverpool, no sábado, antes da paragem do Mundial.