Jordaan, que liderou a candidatura bem sucedida da África do Sul a anfitriã do Campeonato do Mundo de Futebol de 2010, negou as acusações num tribunal de Joanesburgo.
"As alegações são de que, entre 2014 e 2018, o presidente da SAFA usou os recursos da organização para seu benefício pessoal", disse um comunicado da polícia.
Danny Jordaan foi acusado de contratar uma empresa de segurança privada para a sua própria proteção e uma empresa de relações públicas sem autorização da direção da SAFA, acrescenta o comunicado.
Jordaan terá contratado a empresa de relações públicas depois de a sua reputação ter sido abalada, quando uma cantora sul-africana e antiga deputada alegou, em 2017, que ele a tinha agredido sexualmente há 25 anos. Ele negou as alegações.
Jordaan foi detido "na sequência de uma investigação intensiva da Serious Commercial Crime Investigation, com sede em Joanesburgo, sobre alegações de fraude e roubo no valor de 1,3 milhões de rands", informou a polícia.
Jordaan é presidente da SAFA desde 2013 e foi eleito pela terceira vez em 2022.
Foi detido juntamente com o diretor financeiro da SAFA, Gronie Hluyo, e o empresário Trevor Neethling, chefe da empresa de comunicações citada nas acusações, que também negou as acusações.
O tribunal libertou os três sob fiança.