Farrell, de 31 anos, que está suspenso desde a vitória sobre o País de Gales no mês passado, é uma das 12 alterações que o selecionador Steve Borthwick fez para o jogo de sábado em Lille, enquanto a Inglaterra procura a terceira vitória consecutiva no Grupo D.
Farrell, jogador do Saracens, substitui George Ford na invicta Inglaterra, com Marcus Smith a começar na lateral.
"Uma das muitas coisas boas do Campeonato do Mundo de Râguebi é que o torneio proporciona uma excelente oportunidade para jogar contra equipas que raramente temos oportunidade de ver", afirmou Borthwick em comunicado.
"É por essa razão que estamos particularmente ansiosos para nos testarmos contra o Chile no sábado", acrescentou.
"Depois de observarmos atentamente o nosso próximo adversário, sabemos que teremos de nos preparar e jogar bem contra uma equipa chilena empenhada. Ao passarmos para a próxima fase, é justo que eu preste mais uma vez homenagem aos nossos excelentes adeptos, que sei que estarão conosco em Lille neste fim de semana", acrescentou o ex-capitão da seleção inglesa.
Será a primeira vez na sua carreira que Smith, de 24 anos, será titular na lateral do Harlequins, quer pelo clube quer pela seleção.
Elliot Daly passa da camisola 15 para o centro, Lewis Ludlam passa a ser o n.º 8 e o ponta de lança Kyle Sinckler são os três jogadores que mantêm o seu lugar.
Ford foi nomeado para o banco de suplentes, juntamente com quatro outros titulares - o ponta Joe Marler, o trinco Ollie Chessum, o remador Ben Earl e o central Joe Marchant - da vitória de domingo passado sobre o Japão.
A Inglaterra termina a sua campanha na fase de grupos, defrontando Samoa em Lille, a 7 de outubro.
Inglaterra (15-1)
Marcus Smith; Henry Arundell, Elliot Daly, Ollie Lawrence, Max Malins; Owen Farrell (capitão), Danny Care; Billy Vunipola, Jack Willis, Lewis Ludlam; George Martin, David Ribbans; Kyle Sinckler, Theo Dan, Bevan Rodd
Substituições: Jack Walker, Joe Marler, Will Stuart, Ollie Chessum, Ben Earl, Ben Youngs, George Ford, Joe Marchant