Johnson, que venceu a descida de montanha no sábado, poucas semanas depois de ter regressado à ação após uma proibição de 14 meses, por três falhas de localização antidopagem, foi a quarta mais rápida na secção de abertura da descida de montanha.
Shiffrin, a esquiadora mais bem sucedida de todos os tempos, com 99 vitórias na Taça do Mundo, manteve a calma e registou o terceiro tempo mais rápido no slalom, dando à dupla americana um tempo total de dois minutos e 40,89 segundos.
Foi o 15º mundial - e o oitavo ouro - para Shiffrin em apenas 18 campeonatos.
A presença de Shiffrin em Saalbach foi posta em causa depois de ter sofrido uma perfuração abdominal num acidente em Killington, em novembro.
A lesão deixou-a de fora durante dois meses, antes de regressar à competição no slalom noturno de Courchevel, no mês passado.
Mais manchetes foram feitas em Saalbach quando Shiffrin disse inicialmente que não iria correr o combinado, depois de Lindsey Vonn ter evocado um confronto de "Equipa de Sonho" com 181 vitórias na Taça do Mundo.
Mas Shiffrin voltou atrás na sua decisão, invocando o stress pós-traumático como razão para não defender o seu título de slalom gigante, no final desta semana.
A federação norte-americana tomou a decisão de fazer os confrontos por equipas com base nas classificações atuais, o que significa que Shiffrin ficou com Johnson e Vonn foi privada de uma partida com a melhor esquiadora alpina de sempre.
"Tantas coisas tiveram de acontecer desde que tínhamos 11 anos", disse Shiffrin sobre a sua longa relação com Johnson, como competidora e amiga.
"Precisávamos de um evento totalmente novo. É fantástico para mim. A Bree esteve tão bem esta manhã, como tem estado a fazer nos últimos tempos, dia após dia", acrescentou.
Johnson saudou Shiffrin como uma "lenda".
"É muito bom estar com ela. Ela está no topo há uma década ou mais, foi muito stressante para ela, mas ainda mais para mim. Estamos tão positivas que é ótimo!", assumiu.
A dupla suíça formada por Lara Gut-Behrami e Wendy Holdener conquistou a prata, a 0,39 segundos, enquanto a segunda das quatro equipas austríacas - a campeã de super-G Stephanie Venier e Katharina Truppe - conquistou o bronze, a 0,14 segundos de distância.
Esta foi a nona medalha mundial de Gut-Behrami nos seus últimos campeonatos, aos 33 anos, e a oitava de Holdener, de 31 anos.
Lauren Macuga, dos Estados Unidos, medalha de bronze no super-G, fez o tempo mais rápido na descida, mas a sua parceira Paula Moltzan viu essa vantagem dissipar-se na corrida de slalom, acabando a dupla por terminar em quarto lugar, a 0,64 segundos.
As esperanças de Vonn de subir ao pódio evaporaram-se depois de ter terminado a 2,51 segundos do tempo de um minuto e 41,60 segundos de Macuga no percurso de 2,9 km de Ulli Maier, na estância austríaca, durante a ação da manhã.
Este resultado deixou o parceiro de slalom de Vonn, AJ Hurt, com uma montanha que se revelou impossível de escalar no slalom. Terminaram em 16.º lugar, com 2,98 segundos.
"Não foi uma corrida rápida", disse Vonn, no seu regresso - depois de se aposentar em 2019 - graças a uma reconstrução do joelho.
"Sinceramente, não sei dizer o que está a correr mal", disse sobre o seu desempenho em Saalbach, encimado por um 15.º lugar na descida.
"Estive praticamente toda a descida na minha dobra e não acelerei em nenhum momento", disse Vonn sobre a final do Campeonato do Mundo, esta terça-feira.
"Tenho claramente trabalho a fazer. Acho que é com as minhas botas que tenho de jogar para descobrir o que é melhor. Neste momento, tecnicamente, estou a esquiar melhor do que antes, mas no deslizamento não sou rápida, o que é algo com que nunca tive problemas, e só preciso de descobrir. Tenho um ano para o fazer e penso que o farei, mas, neste momento, é difícil mudar toda a configuração enquanto se está a disputar o campeonato do mundo", explicou.