O australiano regressou ao ténis após 18 meses, na semana passada, em Brisbane, depois de uma cirurgia ao joelho e da reconstrução do pulso.
Caiu na primeira ronda de singulares após três sets difíceis contra a estrela francesa em ascensão, Giovanni Mpetshi Perricard, e admitiu que estava com dores.
Kyrgios também jogou duas partidas de duplas contra Djokovic e deveria enfrentar o sérvio numa partida de singulares, beneficente, na quinta-feira, na Rod Laver Arena, em Melbourne Park.
O Open da Austrália começa no domingo.
"Infelizmente não vou poder jogar contra o meu bom amigo esta quinta-feira, pois fiz uma ecografia abdominal e tenho uma distensão de grau 1", escreveu Kyrgios no Instagram.
"Vou descansar e fazer tudo o que puder para recuperar antes do Open da Austrália", acrescentou.