O sérvio, de 38 anos, abdicou do torneio em terra batida depois de também ter desistido do Miami Open, que está a decorrer, devido a uma lesão no ombro direito.
Djokovic competiu pela última vez em Indian Wells no início deste mês, em que foi eliminado pelo campeão em título Jack Draper nos oitavos de final.
O vencedor de 24 títulos do Grand Slam conquistou o Monte Carlo Masters em 2013 e 2015.
O norte-americano, número sete do mundo, Taylor Fritz também desistiu do torneio devido a lesão, na quinta-feira.
A edição de 2026 do Monte Carlo Masters está agendada para decorrer de 5 a 12 de abril, com o número um mundial Carlos Alcaraz a preparar-se para defender o seu título.