Classificado em 11.º lugar no ranking mundial, Khachanov chegou aos quartos de final em Roland Garros, onde ganhou um set a Novak Djokovic antes de perder para o sérvio, que acabou por conquistar o título.
O russo foi um dos jogadores em melhor forma nos Grand Slams nos últimos 12 meses, tendo também atingido as meias-finais do Open dos Estados Unidos no ano passado e do Open da Austrália em janeiro.
"Devido a uma infeliz lesão contraída em Roland Garros (fratura de stress e fratura parcial do osso sacro S1), não poderei participar em Wimbledon pelo segundo ano consecutivo", afirmou Khachanov no Instagram: "A decisão de me retirar não foi fácil e esperava até ao fim, durante estas poucas semanas, conseguir recuperar, no entanto, a minha equipa médica garantiu-me que, no meu caso, não era possível".
Khachanov não pôde jogar em Wimbledon no ano passado devido à proibição imposta aos jogadores russos e bielorrussos. A proibição foi levantada para os campeonatos deste ano e os jogadores de ambos os países foram autorizados a competir como "neutros".
O torneio de Wimbledon começa a 3 de julho.