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O brasileiro de 25 anos falhou a derrota de sábado frente ao Tottenham, depois de se ter lesionado durante um treino na sexta-feira.
"Tem uma lesão na coxa e vai ficar de fora durante algumas semanas. Vamos ver quantas, não queremos fazer previsões sobre isso, mas não está pronto para os próximos jogos", disse Alonso aos jornalistas.
João Pedro teve um início de época positivo, com cinco golos e três assistências em sete jogos por todas as competições. Alonso reconheceu a perda do internacional brasileiro, mas afirmou que o Chelsea tinha soluções para colmatar a sua ausência.
O Chelsea defronta o Liverpool na quarta-feira, nos oitavos de final da Taça da Liga, e recebe o Manchester United no campeonato no sábado.