Eze foi o único jogador não convocado na convocatória de 25 jogadores para os dois jogos do Grupo C, fora contra Malta, e em casa contra a Macedónia do Norte.
Também foi convocado o defesa do Brighton & Hove Albion Lewis Dunk, cuja única internacionalização pela Inglaterra aconteceu em 2018, e o defesa do Aston Villa Tyrone Mings.
Em sentido inverso, não houve lugar na equipa para o avançado do Chelsea, Raheem Sterling.
Inglaterra lidera o Grupo C, depois de vencer a Itália fora e a Ucrânia em casa.
O ex-jogador do Queens Park Rangers, Eze, tem estado em grande forma no Crytal Palace, marcando seis golos nos últimos oito jogos, e Southgate disse que ele teria estado na sua convocatória anterior se não fosse uma lesão.
"Há muito tempo que gostamos dele", disse Southgate em conferência de imprensa. "Terminou a época de forma muito forte e joga em várias posições do ataque e tem uma explosão de velocidade para passar pelos adversários e tirá-los do jogo com as suas capacidades de drible".
Southgate disse que Dunk e Mings mereceram as chamadas depois de uma forte exibição nos seus clubes, que terminaram a época em grande estilo, com o Brighton a qualificar-se para a Europa e o Aston Villa a juntar-se a eles.
O técnico inglês, que também é o responsável pela não convocatória do avançado Sterling, disse que a decisão foi fácil.
"Falei com ele há cerca de uma semana. Foi uma conversa geral. Ele não está satisfeito com a sua condição física, com um problema no tendão. Ele não estava a ser considerado porque acha que não está a funcionar ao nível que precisa", disse o treinador.
Southgate também deu algumas palavras de conforto ao avançado do Brentford, Ivan Toney, que se estreou como suplente contra a Ucrânia, mas que entretanto foi suspenso por oito meses após mais de 100 infrações às regras de apostas da FA.
"Quando ele voltar, se jogar bem, então vamos escolhê-lo", disse Southgate. "Penso que ele terá uma motivação adicional pelo que está a passar e é um tipo resiliente com grande caráter e estamos aqui para o apoiar".
Southgate disse que não tinha considerado descansar alguns dos seus jogadores para o que parecem ser dois jogos confortáveis. Cinco jogadores do Manchester City estarão a disputar a final da Liga dos Campeões dias antes do jogo com Malta, a 16 de junho.
"Não creio que o resto do mundo esteja (a descansar jogadores) e nós já jogámos duas vezes contra a Macedónia do Norte em casa e nunca os vencemos", disse Southgate. "Acho que podemos facilmente cair na armadilha. Para sermos uma equipa de topo, para sermos campeões europeus, precisamos de fazer as coisas como fizemos em março".