Os utilizadores deixaram vários insultos racistas na última publicação da conta Instagram do internacional francês.
Em comunicado, o Bayern abordou o caso, dizendo que "todos no Bayern" condenam "o racismo da forma mais veemente possível".
"O clube inteiro está contigo, Upa".
O defesa, 24 anos, que está no Bayern desde 2021, foi criticado pelo desempenho contra o City, tendo perdido a bola no lance que resulta no segundo golo da equipa inglesa.
Vários jogadores e treinadores do Bayern defenderam Upamecano após o jogo.
O médio do Bayern Joshua Kimmich disse: "Foi amargo para o Upa, mas há uma razão para ele jogar num clube (como o Bayern). Ele tem qualidade de topo e nós acreditamos nele".
Apesar de admitir que o erro de Upamecano "custou o jogo" de terça-feira, o novo treinador do Bayern Thomas Tuchel saiu em defesa do internacional francês.
"Qualquer pessoa que jogue futebol a este nível, qualquer pessoa que jogue tantos jogos acaba por cometer um erro numa área do campo onde isso não deveria aconter. Ele ainda é jovem. Seguimos em frente", apontou.
Os insultos racistas têm-se tornado comuns no futebol nos últimos anos.
O colega de equipa e de seleção de Upamecano, Kingsley Coman, foi insultado online depois de ter falhado um penálti na final do Campeonato do Mundo de 2022 contra a Argentina.
As estrelas inglesas Marcus Rashford, Jadon Sancho e Bukayo Saka tiveram experiências semelhantes depois de falharem um penálti na final do Euro-2021 contra a Itália.