Recorde as incidências da partida
O DC United também ficou de fora dos playoffs e anunciou imediatamente que o seu técnico inglês, o ex-astro do Manchester United Wayne Rooney, vai deixar o cargo por "acordo mútuo".
Messi voltou de lesão aos 55 minutos do segundo tempo, mas o Cincinnati, que conquistou a primeira vaga nos playoffs, conseguiu a vitória com um golo do argentino Álvaro Barreal.
Messi teve pouco impacto em campo e, apesar de ter tido duas oportunidades de golo de livre direto ao alcance da baliza, ambos os remates não acertaram em cheio.
"Eu vi que ele estava com falta de futebol (tempo de jogo)", disse o técnico do Miami, Gerardo Martino.
"A lesão está bem, ele não tem nenhum problema, mas (o seu desempenho foi) lógico porque nos últimos tempos ele jogou muito pouco e pode acontecer que lhe falte ritmo, e é também por isso que ele só jogou 32 ou 33 minutos", acrescentou.
Com outros resultados contra o Miami, o clube de Messi ficou na parte inferior da Conferência Este, a sete pontos da última vaga para o playoff, a faltarem apenas dois jogos.
Messi havia jogado apenas 37 minutos pelo clube desde 3 de setembro, depois de voltar de lesão da seleção argentina no mês passado.
Sem ele, o Miami teve dificuldades, pagando o preço da sua bem-sucedida corrida para o título da Taça das Ligas em agosto, quando Messi brilhou no torneio e conquistou o primeiro troféu desde que chegou ao clube em julho.
A derrota de sábado foi a segunda consecutiva para o Miami, depois da goleada de 4-1 sofrida contra o Chicago na quarta-feira, e a equipa de Martino venceu apenas uma vez nos últimos seis jogos da MLS.
Messi havia participado na única vitória nesse período, entrando no primeiro tempo da goleada de 4-0 sobre o Toronto.
Depois do triunfo na Taça das Ligas em Nashville, a 19 de agosto, falou-se em mais dois troféus para o Miami esta época, mas, sem Messi, a equipa perdeu a final da US Open Cup contra o Houston e depois ficou fora da luta na Liga.
"Honestamente, eu esperava que a temporada fosse exatamente o oposto do que aconteceu", disse Martino, que assumiu o cargo pouco antes da chegada de Messi.
"As minhas expetativas eram montar o grupo, moldá-lo do ponto de vista futebolístico, não transcender muito na Taça das Ligas, competir bem na Taça (US Open Cup) e apurar-me para os playoffs, mas foi exatamente o oposto, como costuma acontecer quando um técnico pensa alguma coisa".
"Em três torneios possíveis, ganhámos um, o que é um facto muito importante para nós, porque a Liga tem mais 28 equipas. Se Houston e nós ganharmos, quem ganhar a Liga será o terceiro vencedor e haverá outros 25 que não terão ganho. Desse ponto de vista, estamos contentes".
Os dois últimos jogos do Miami são contra o Charlotte, o último dos quais fora de casa, a 21 de outubro. Resta saber se Messi, que foi convocado para os próximos jogos de qualificação da Argentina para o Campeonato do Mundo, estará presente.
Rooney sai
O DC United de Rooney não conseguiu melhorar a sua qualidade, apesar de ter vencido o New York City FC por 2-0 no último jogo da época, e em poucos minutos foi anunciada a saída do antigo avançado do Manchester United.
"É a altura certa. Fiz tudo o que estava ao meu alcance para levar este clube aos play-offs. Não foi uma coisa que aconteceu. É uma questão de timing", disse Rooney.
Na Conferência Oeste, o Los Angeles Galaxy, pentacampeão da MLS, não conseguiu chegar aos playoffs depois de uma derrota por 5-2 para o Minnesota United.
O avançado finlandês Teemu Pukki marcou quatro golos na segunda parte para o Minnesota, que tinha despedido o seu treinador inglês Adrian Heath na sexta-feira.
O Austin, derrotado pelo Los Angeles FC na final da Conferência Oeste no ano passado, sofreu mais uma desilusão às mãos do LAFC, com a derrota por 4-2 em casa dos campeões a acabar com as suas esperanças na pós-temporada.
O internacional gabonês Denis Bouanga marcou dois golos para o LAFC, tornando-se o melhor marcador da Liga com 19 golos.
O Houston, campeão da US Open Cup, aumentou as suas esperanças de ficar entre os quatro primeiros e ter a vantagem de jogar em casa na primeira fase dos playoffs com dois golos de Nelson Quinones na goleada de 5-1 sobre o Colorado.