A vitória permitiu ao City ficar a cinco pontos dos líderes Arsenal no topo da Premier League.
Haaland já marcou 44 vezes na época de estreia com os bicampeões ingleses, incluindo 30 golos em 27 jogos na Premier League.
O segundo golo do norueguês foi especial, uma vez que o gigante noruguês respondeu com um pontapé acrobático ao cruzamento de Jack Grealish.
"O segundo golo foi espantoso. Não é fácil apanhar a bola no ar e colocá-la na relva", disse Guardiola, que treinou Messi durante quatro anos no Barcelona.
"Precisamos dele. A primeira parte não foi ao nosso melhor nível, mas ele mudou o jogo. Como melhor marcador, vivemos duas décadas incríveis com Cristiano Ronaldo e Lionel Messi, mas ele está a esse nível. Marca muitos golos. Estou muito contente com os 65 minutos após a lesão e ajudou-nos outra vez", apontou.
Guardiola foi fiel às suas palavras de que não estava a pensar no jogo da primeira mão dos quartos de final da Liga dos Campeões, contra o Bayern de Munique, na terça-feira, já que o regresso de Haaland após uma lesão na virilha foi a única mudança em relação à equipa que derrotou o Liverpool por 4-1 no fim de semana passado.
Mas os visitantes não atingiram o mesmo nível durante os primeiros 45 minutos e poderiam ter sido punidos contra uma equipa com mais poder de fogo do que os Saints. O Southampton continua preso no fundo da tabela e a quatro pontos dos lugares de manutenção.
Haaland abriu o marcador pouco antes do intervalo, quando se elevou para cabecear o cruzamento de Kevin De Bruyne.
O City carburou após o intervalo para conquistar a oitava vitória consecutiva em todas as competições, que mantém os homens de Guardiola na luta por três troféus até ao final da época.
Grealish está a desfrutar da sua melhor forma desde a transferência de 120 milhões de euros do Aston Villa, em 2021, que o tornou no jogador mais caro de sempre da Premier League na altura. Marcou na recarga após o primeiro remate ter sido defendido por Gavin Bazunu.
Grealish transformou-se em criador no terceiro golo, já que foi o seu cruzamento que permitiu a bicicleta de Haaland,.
"Nunca me vão ver a fazer isso", disse De Bruyne acerca do segundo golo de Haaland. "Terias que me levar para o hospital de Southampton se eu fizesse isso!"
Esse foi o último toque do avançado na bola, que deu lugar a Julian Álvarez nos últimos 20 minutos, com um olho na visita ao Bayern a meio da semana.
Sekou Mara deu um motivo de festejo à equipa da casa ao aproveitar o cruzamento de Moussa Djenepo e reduziu a desvantagem.
Mas o City restaurou a diferença de três golos apenas três minutos depois, quando De Bruyne foi derrubado dentro da grande área. O belga permitiu a Álvarez cobrar a grande penalidade e fazer o 14.º golo da época, apesar de ser visto como um suplente para Haaland.