A lesão de Murphy é a última de uma longa lista de lesões no Newcastle que afastaram jogadores importantes, incluindo Sven Botman, Alexander Isak, Harvey Barnes e Elliot Anderson.
Murphy, de 28 anos, que já se tinha lesionado na derrota em casa do Newcastle por 1-0 contra o Borussia Dortmund na Liga dos Campeões, no mês passado, foi substituído na segunda parte contra o Arsenal, no sábado, sofrendo outra luxação no ombro.
"Com Jacob, sempre soubemos que havia o risco de ele lesionar novamente o ombro, mas ele estava disposto a correr o risco", disse Howe. "Infelizmente, perdemo-lo durante o jogo e vamos perdê-lo agora devido a uma operação. É obviamente um golpe. Não sei ao certo quanto tempo ele ficará fora, mas acho que serão cerca de três meses".
Howe também estava preocupado com a lesão do defesa Dan Burn, que caiu com força sobre as costas após uma forte dividida e não voltou para o segundo tempo. Burn, de 31 anos, foi visto a caminhar com dificuldade até ao banco de suplentes. Burn "está a sentir muitas dores neste momento. É preocupante para nós", disse Howe.
O Newcastle desloca-se a Dortmund, na Liga dos Campeões, na terça-feira, antes de defrontar o Bournemouth, na Premier League, no sábado.