O jogador de 23 anos ficou de fora da deslocação ao Craven Cottage devido a um problema na canela sofrido na derrota da semana passada, para a Taça da Liga, frente ao Brighton.
Vai falhar dois jogos contra a Escócia e partidas frente à Macedónia do Norte e à Suíça.
"O Manchester United pode confirmar que Benjamin Sesko retirou-se da seleção da Eslovénia antes da próxima pausa internacional de três semanas", afirmou o clube em comunicado, esta segunda-feira.
"O Benjamin vai realizar exames esta semana antes de definir o seu plano individual de recuperação", acrescentou o United.
Sesko, que já marcou dois golos pelo United esta época, tornou-se no quarto jogador do clube a abandonar os compromissos internacionais esta segunda-feira.
Marcus Rashford e Kobbie Mainoo também estão fora da convocatória de Inglaterra, enquanto Karl Darlow retirou-se do estágio do País de Gales.
O Manchester United de Michael Carrick ocupa um modesto 12.º lugar na tabela da Premier League, depois de somar apenas cinco pontos nas primeiras cinco jornadas.
O próximo jogo é em casa frente ao último classificado, o Tottenham, a 10 de outubro.