Emre foi nomeado novo treinador do Fenerbahçe na terça-feira, um dia antes de Kuyt assumir o comando da equipa no duelo da Liga dos Campeões frente ao Liverpool. O Fenerbahce venceu por 3-2, graças a golos tardios de Archie Brown e Vedat Muriqi.
Kuyt foi nomeado treinador interino depois de Ismail Kartal se ter demitido a 27 de outubro, um dia após a derrota no dérbi frente ao Galatasaray. Não se sabia se Kuyt continuaria no clube após a nomeação de Emre, mas o clube confirmou na quarta-feira que o neerlandês tinha deixado a equipa e não permaneceria noutra função.
"A nossa história de amarelo e azul-marinho começou há anos, e o laço entre nós nunca se desfez. Primeiro estiveste connosco no relvado e, depois, no banco. O teu amor pela camisola às riscas e a tua lealdade valeram-te um lugar especial no coração de todos nós", afirmou o clube: "Agradecemos-te do fundo do coração por tudo o que deste a estas cores. Hoje dizemos-te adeus, mas o teu lugar nesta grande família nunca mudará. Porque algumas despedidas não são adeuses, mas expressões de um laço eterno."
Kuyt, de 46 anos, trabalhou anteriormente no ADO Den Haag, no Beerschot e no FC Dordrecht, que deixou este verão para se juntar ao Fenerbahçe como adjunto de Kartal.