O Fluminense venceu o Boca por 1-2 no prolongamento e ganhou a Taça Libertadores, graças ao golo de John Kennedy aos 99 minutos, no Rio de Janeiro.
Recorde as principais incidências da partida
Almirón assumiu o cargo de técnico do Boca em abril, após a saída do também argentino Hugo Ibarra.
O Boca está em sétimo lugar na Primeira Divisão após 27 jogos, 17 pontos atrás do líder e rival de longa data River Plate.
"O Boca Juniors informa os seus sócios e simpatizantes que, no domingo, 5 de novembro, às 21:00, Jorge Almirón anunciou que ele e a sua equipa técnica, com contrato em vigor até ao final da época, tomaram a decisão pessoal de deixar de continuar", informou o clube em comunicado.
"A nossa instituição agradece os serviços prestados por todos e deseja-lhes os maiores sucessos no futuro", acrescenta a nota.