Superado por Francesco Bagnaia na sprint, Ai Ogura fez um arranque perfeito, enquanto Marc Márquez e Pecco trocavam de posições. Um primeiro grupo de seis pilotos destacou-se, enquanto Jorge Martín procurava rapidamente dar o salto depois de ultrapassar Joan Mir, que tinha optado por um pneu macio atrás. No entanto, o esforço foi em vão, pois o Martinator tinha dois long laps para cumprir. Isto completou o cenário das Aprilia de fábrica após a suspensão de Marco Bezzecchi devido às bofetadas que deu a um comissário de pista.
O piloto japonês era pressionado pelas duas Ducati oficiais e foi ultrapassado por Pecco Bagnaia, ao mesmo tempo que Fabio Quartararo cometeu um erro. Ogura foi depois superado na última curva da segunda volta por MM93.
O primeiro a perder o contacto com o grupo da frente foi Diogo Moreira, que rapidamente caiu do 4.º para o 8.º lugar após apenas 6 voltas.
A luta fratricida entre Bagnaia e Marc Márquez era total, com os pilotos a registarem as melhores voltas da corrida. Para o italiano, este fim de semana em Brno era importante para o ego; para o catalão, tratava-se de reduzir a diferença na classificação para Bezzecchi. No entanto, Ogura, habituado ao negative split, mantinha-se a meio segundo e era ele agora a assinar os melhores tempos, pelo menos dois décimos mais rápido do que o duo da frente.
A luta entre as Ducati terminou na 16.ª volta, com uma ultrapassagem perfeita do detentor do título. Para Bagnaia, o segundo lugar não estava garantido, pois Ogura já seguia na sua roda. O piloto da Trackhouse fez uma manobra perfeita antes de se concentrar em Marc Márquez, que estava a 7 décimos.
Depois do seu regresso vitorioso na Hungria, MM93, no auge do sofrimento físico, conquista mais uma vitória na República Checa, à frente de Ogura e Bagnaia. Fabio di Giannantonio termina em 4.º lugar, enquanto Pedro Acosta desistiu na última volta e Martín contentou-se com a 9.ª posição.